Die Ev.-luth. Bonhoeffer-Gemeinde ist Teil des Ökumenischen Kirchencentrums Mühlenberg.
Dieser 1981/82 erbaute Kirchenkomplex steht zentral am Mühlenberger Markt. Planung und Ausführung des Kirchenbaus erfolgten durch die Evangelisch-lutherische Landeskirche Hannovers in Abstimmung mit dem katholischen Bistum Hildesheim.
Bis zum Neubau war das Ökumenische Kirchencentrum eine provisorischen Baracke in der Beckstraße 32. Diese Baracke existierte seit Bebauung des Stadtteils Ende der 1960er Jahre. Die Geschichte des ökumenischen Kirchenzentrums ist damit in seiner Entstehung mit dem Neubau-Stadtteil Hannover-Mühlenberg verbunden.
Auffälliges Wahrzeichen des Kirchenzentrums am Mühlenberger Markt ist das 27 m hohe Kreuz aus Stahl und Glas, das während der Expo 2000 im Christus-Pavillon stand. Es ist ein prägendes Symbol des Stadtteils geworden.
Die evangelisch-lutherische Bonhoeffer-Gemeinde gehört zum Stadtkirchenverband Hannover. Zu ihrem Pfarrbezirk gehört der Stadtteil Mühlenberg und seit 2000 auch der Nachbarstadtteil Bornum mit der Petrus- und Paulus-Gemeinde, die jetzt zur Bonhoeffer-Gemeinde gehört. Der Namensgeber Dietrich Bonhoeffer, der als Theologe in der NS-Zeit im Widerstand der Bekennenden Kirche aktiv war, und dafür mit seinem Leben bezahlt hat, dient der evangelischen Gemeinde als mahnende Erinnerung. Und fügt sich ein in einen Stadtteil, der mit seiner gesamten Namensgebung daran erinnert, dass der Mühlenberg der Ort eines KZ-Arbeitslagers war. Im Innern der Kirche erinnern kleine Kunstinstallationen an den Widerstand und eine Glasbodenfliese mit Gegenständen aus Auschwitz darunter an die Zeit der Nazi-Diktatur und ihre schrecklichen Folgen.